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Prendre soin de son microbiote

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 L’intestin est une zone de contact et d’échange super importante!

L’intestin est une zone de contact et d’échange la plus importante chez l’homme, ayant des fonctions importantes pour le bon fonctionnement de notre organisme. C’est une barrière tout d’abord permettant le passage d’éléments nutritifs. De plus, cet intestin permet de défendre l’intégrité de notre organisme en jouant un rôle de filtre, puisqu’il évite le passage d’éléments indésirables que ce soit des particules alimentaires, virales, bactériennes ou des médicaments (xénobiotiques). L’épithélium intestinal représente une superficie de 300 m2, soit près de 300 millions d’entérocytes qui se renouvellent tous les six jours. Ces cellules agissent comme un filtre pour le passage sélectif de molécules, fragments d’aliments, de particules de microorganismes, la sécrétion du mucus et aussi la production de peptides antimicrobiens tels que les β-défensines. C’est à ce niveau que le système immunitaire se forme et devient mature. En effet, le système immunitaire intestinal contient jusqu’à 70 % de la totalité des cellules lymphoïdes de l’organisme et deux fonctions fondamentales permettent le maintien de l’homéostasie intestinale. D’abord l’élimination des micro-organismes les plus pathogènes de la lumière intestinale et aussi une certaine tolérance vis-à-vis de certains microorganismes, ce qui module finement les réponses immunes.

Les bactéries sont partout...Et heureusement.

Dans cet intestin, une microflore bactérienne se développe depuis la naissance et évolue au cours de la vie. Il s’agit du microbiote intestinal qui correspond à l’ensemble des microorganismes vivant dans le tractus digestif. Rien que dans nos intestins, la masse bactérienne représente entre 1 et 2 kg, soit 40 % du poids fécal. Le microbiote intestinal de l’Homme se compose de 100 000 milliards de bactéries soit 10 à 100 fois plus que le nombre de nos cellules eucaryotes dans notre organisme, celles qui forment nos tissus. Nous sommes en fait un organisme hybride fait de cellules de mammifères et de cellules bactériennes, sans lesquelles la vie ne serait pas possible. Il est estimé que 800 à 1000 espèces bactériennes composent notre microbiote intestinal, avec un génome bactérien 100 fois plus important que le nôtre, puisque nous possédons quelque 20 000 gènes.

En outre, il existe d’autres microbiotes : celui de la peau, des poumons, dans le vagin, et celui de la bouche. L’estomac héberge peu de bactéries principalement en raison de son acidité gastrique, qui justement prévient la colonisation de microorganismes non-désirables et pathogènes. Dans l’intestin grêle, le duodénum et le jéjunum, il y a une quantité normalement faible de bactéries ; le péristaltisme intestinal, c’est-à-dire le mouvement des muscles lisses entourant les intestins est particulièrement actif, ce qui réduit les temps de transit des aliments et de passage des microorganismes, empêchant ainsi les mauvaises bactéries d’y trouver un milieu favorable. Cependant, le microbiote se densifie à mesure de la progression des aliments dans l’intestin grêle terminale, la concentration du microbiote y augmente et les espèces se diversifient. Il peut se trouver une concentration de 108 bactéries/g de matière au niveau de l’iléon terminal et 1012 au niveau du côlon.  Au niveau de ce côlon, la concentration bactérienne reste stable, mais ce sont les populations de bactéries anaérobies strictes telles que Bacteroides et Bifidobacterium qui augmentent d’un facteur de 100.

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On retrouve trois grands groupes de bactéries (ou phylum) chez les individus, sachant que les compositions varient depuis l’enfance jusqu’à la fin de vieillesse. Trois phyla bactériens représentent les 80 % à 90 % de toutes les espèces bactériennes fécales chez l’Homme: on retrouve principalement des Firmicutes, des Bacteroidetes, et le phylum des Actinobacteria. A l’intérieur de ces phyla, 6 genres bactériens sont retrouvés en majorité des Eubacterium, Lactobacillus, Enterococcus, Clostridium, Bacteroides et les Bifidobacterium. Il existe aussi, un microbiote sous-dominant majoritairement constitué de Protéobactéries (E. Coli et Entérobactéria) et un microbiote de passage composé de bactéries alimentaires, de levures et parfois de microorganismes pathogènes.

C’est l’utilisation d’outils de biologie moléculaire qui aura permis de démontrer qu’environ 2/3 des espèces dominantes d’un individu lui sont propres, tandis que le 1/3 restant est plus ou moins commun à tous. Les techniques de métagénomique notamment qui analysent l’ADN des gènes de manière très rapide avec beaucoup de précision, dès le début des années 1990, ont levé le voile sur les milliers d’espèces bactériennes de nos intestins. Ce travail a permis d’établir un catalogue plus précis des populations bactériennes : on y retrouve les fameux Lactobacillus et les Bifidus de nos yaourts, mais aussi d’autres bactéries moins connues, telles les Burkholderiales, les Victivallales, et les Verrucomicrobia. Il y en a des milliers d’autres qui sont encore inconnues de la science. La famille des bifidobactéries est majoritaire dans le microbiome gastro-intestinal chez l’enfant. Ces bactéries sont en partie remplacées chez l’adulte par des bactéries de deux grandes familles: les Bactéroïdètes (15 à 30 % environ) et les Firmicutes (60 à 80 % environ).

Ce microbiote à de nombreuses fonctions dont principalement les suivantes :

  • Maturation du système immunitaire
  • Communication entre les intestins et le cerveau
  • Protection contre les pathogènes
  • Synthèse de vitamines
  • Métabolisme des xénobiotiques
  • Aide à la digestion
  • Accumulation d’énergie
  • Développement et protection de la muqueuse intestinale

La composition du microbiote reste stable, sauf en cas de maladie, d’infection et de problèmes de santé divers, des modifications du régime alimentaire. Chaque individu dispose d’une identité microbiotique propre tel un « code barre bactérien » unique, lié à sa génétique et son environnement personnel, depuis la naissance jusqu’à l’âge adulte. Notons qu’avec l’âge, à partir de 65 ans, des changements du microbiote intestinal s’opèrent : le microbiote  perd en stabilité et augmente en complexité par rapport à celui de l’adulte entre 20 et 50 ans. Normalement, à mesure que nous vieillissons, la composition du microbiote se dégrade et l’équilibre change. Cependant, des études sur 1000 Chinois en excellente santé (Bian G et al., dans mSphere, sept 2017), âgés de 3 à plus de 100 ans, ont montré la présence de quantité plus importante que la moyenne de bactéries associées à une bonne santé. En outre, des changements dans les capacités d’adhésion des bifidobactéries et des altérations de la composition chimique du mucus, lié à l’âge, explique possiblement la réduction des bifidobactéries chez les sujets plus âgés. Certaines de ces bactéries joueraient un rôle clé dans la longévité dont les Bifidobacteria, dont on soupçonne un effet antioxydant et anti-inflammatoire.

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crédit: Dr. Denis Riché

Des études récentes ont permis d’établir des corrélations entre la présence de certaines combinaisons de populations bactériennes avec l’incidence de maladies telles que le surpoids, le diabète, des cancers et les maladies neurodégénératives.

Lors d’un déséquilibre de la flore intestinale, on parle de dysbiose. What?

La dysbiose est un déséquilibre quantitatif et/ou qualitatif du microbiote intestinal, et peut faire varier un état de santé sain vers un état de santé pathologique. Le style de vie, le régime alimentaire, les contacts avec les autres, des infections bactériennes, mais encore et surtout la prise d’antibiotiques, sont autant de facteurs clés de la santé du microbiote.  Plusieurs études cliniques conduites avec des personnes âgées, entre 60 à 102 ans, mettent en évidence les effets bénéfiques d’une complémentation en bifidobactéries, en augmentant la fréquence de défécation ou la réduction du transit oro-fécal par exemple. D’autres effets bénéfiques sont remarqués au niveau immunitaire, avec la réduction du statut inflammatoire, une stimulation de l’immunité innée, ainsi qu’une meilleure résistance aux infections hivernales.

Un défaut de bonnes bactéries, laissera la place à d’autres puisque la nature n’aime pas le vide!

D’autres bactéries pathogènes peuvent s’installer et sévir, avec la progression également de champignons et de levures (Candida). Une baisse des Firmicutes pourrait conduire à une maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI) avec l’augmentation des E.Coli notamment. Les troubles fonctionnels inflammatoires des intestins touchent 15 % de la population. Parmi les MICI, on trouve les rectocolites et la maladie de Crohn, caractérisée par des poussées à durée variable, des douleurs abdominales, des diarrhées chroniques, des nausées, la fatigue, et des atteintes tissulaires de la bouche à l’anus. On sait que les médications peuvent altérer les muqueuses ou/et le microbiote conduisant à de l’hyperméabilité intestinale, avec pour conséquences des incidences plus importantes de diabètes, d’obésité, de syndrome métabolique, d’asthme, de fatigue, de maux de têtes, de réactions ORL, cutanées, de maladies auto-immunes, et des modifications de la santé mentale.

C’est dire l’importance que revêt l’apparition d’une dysbiose pour la santé.

Le syndrome de l’intestin irritable (SII) représente le plus fréquent des troubles fonctionnels gastro-intestinaux avec une prévalence dans la population générale importante allant de 3% à 20% : douleur abdominale et/ou sensation d’inconfort abdominal associée à des troubles du transit sont les marqueurs communs. Une augmentation des perméabilités intestinale et colique est corrélée au cours du SII, chez l’adulte comme chez l’enfant, et plus particulièrement chez les patients présentant un SII post-infectieux. Il existe des probiotiques qui peuvent aider les patients et qui commencent à faire consensus dans le milieu des gastroentérologues. Parlez-en avec votre thérapeute, c’est une voie thérapeutique à explorer en dernier recours, car l’usage des probiotiques ne doit pas se faire à la légère sous peine de gonflements et d’inconfort supplémentaire. Optimiser l’alimentation et rechercher de bons probiotiques doivent être la première approche pour réguler les flores intestinales.

Le stress peut avoir un effet sur les intestins et inversement.

En effet, il existe une innervation ascendante et descendante via le nerf vague parasympathique et l’innervation orthosympathique, couplé à l’influence de l’axe hypothalamus-hypophysaire-cortico-surrénale. Ces communications entre l’intestin et le cerveau sont croisés et représente environ 200 millions de neurones dans le système nerveux entérique. Ne parle-t-on pas du système digestif comme d’un deuxième cerveau? Et avec raison!

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NUTRITION

  • Alimentation riche en fibres, végétaliser. Sauf profile FODMAP (gaz, ballonnement, flatulences, douleurs, diarrhées et constipations fréquentes, fatigue, manifestations extra-digestives variées,...)
  • Réduire les sucres rapides, car un indice glycémique haut stimule la croissance des flores pathogènes, le stockage des triglycérides, et les variations d’insuline.
  • Les fibres ont des propriétés multiples, alimentation de la flore, protection des muqueuses, régulation de la flore, sélection des souches, réduction de la stase, des putréfactions...Elles donnent de bons résultats dans le cas des MICI. Les fibres stimulent la production par le microbiote d’acides gras à chaînes courtes, comme l’acide butyrique.
  • Trouvez des sources de prébiotiques (choucroute, kéfir, yaourts vivants, légumes en crudités, l’inuline des endives, le rutabaga, les amidons résistants des pommes de terre refroidies).
  • Eviction des produits transformés, utiliser des aliments complets les moins transformés.
  • Curcumine plus Boswellia serrata pour réduire l’inflammation (systémique et local).
  • Les polynéphols des fruits aident à réduire les attaques radicalaires dans la sphère digestive (jus de grenade).
  • La cannelle en poudre (Cinamomum verrum) : troubles digestifs, nausées, vomissements, asthénie et propriétés anti-infectieux (Helicobacter pylori).
  • L’inuline des prébiotiques, tels la bardane, le pissenlit, l’artichaut, la chicorée, l’oignon et la rhubarbe.
  • Saccharomyces boulardii (750 à 1000 mg par jour) chez des patients non-immunodéprimés.

Attention aux antibiotiques...et une prise à long terme.

Avez-vous une intolérance au gluten, aux produits laitiers, une infection à candidose attestée par votre médecin ? Une colopathie? Une perméabilité intestinale est sondée par ses aspects cliniques avant d’orienter le malade vers des tests biologiques, une coproculture, la détection de la calprotectine, d’immunoglobulines sécrétoires, Ig anti-transglutaminase, β défensine.

Les sources de L- glutamine (ou complémentation) pour nourrir les entérocytes, stimule les défenses immunitaires. C’est aussi un précurseur de GABA, de l’ammoniogénèse rénale (biosynthèse de l’ammoniac par les cellules rénales, synthèse de la glucosamine, synthèse musculaire de glycogène, maintient l’équilibre acido-basique de l’organisme). Cet acide aminé est utilisé chez les sportifs pour la récupération après l’exercice, le gain de masse, et la préservation du tissu musculaire.  Au niveau du système digestif, la L-glutamine agit comme stimulant de la paroi intestinale et de l’activité des lymphocytes. La L-glutamine renforce les jonctions serrées de la muqueuse, stimule la synthèse des mucines (protéines de protection des muqueuses), les substrats énergétiques pour les entérocytes.

  • Prendre des Lactobacilles, si indiqué, dans un probiotique de 5 à 7 souches, gastro résistantes, et 20 à 30 milliards d’unités.
  • Vérifier le statut de la vitamine D. La vitamine agit sur plus de 200 gènes dont celui de la bêta défensine, qui code pour un agent anti-microbien et agit sur le gène NOD2 qui alerte les cellules de la présence de microbes. (Dr. John White au Canada)
  • L’avoine stimule un bon microbiote (3 g par jour selon la EFSA).
  • Psyllium (Plantago afra psyllium) : effet apaisant et protecteur des mucilages, il fortifie et protège le système digestif dans son entier, pansement des ulcères, réduction de l’acidité gastrique.

Akkermensia muciniphilia est une souche dont les vertus préviendraient le surpoids. Cette bactérie se trouve dans le mucus qui tapisse les cellules de la paroi intestinale et la protège des agressions et de l’inflammation. Sa population est 1000 fois plus importante chez les individus de poids normal que chez les individus obèses. Sa présence est d’ailleurs associée à un meilleur profil glycémique et à une barrière intestinale en meilleur état. Une expérience célèbre sur les souris montre que des colonies d’Akkermansia municiphilia installées dans les intestins de souris obèses les rendent plus minces ! Pourtant, il n’existe pas de bactérie magique pour faire fondre les surplus de graisses indésirables chez l’Homme, mais les recherches continuent.

En attendant, les oméga-3 augmenterait la quantité d’Akkermansia muciniphila dans les intestins, c’est déjà une bonne nouvelle. Les bifiobactéries sont reconnues pour leurs bienfaits sur le système digestif. Cette famille de bactéries fait partie de celles dont la présence est caractéristique de la flore des super-centenaires en bonne santé, avec Akkermansia muciniphila.
A ce sujet des études sur l’homme ont prouvé des effets anti-inflammatoires et antioxydants d’une supplémentation.

La flore des centenaires en bonne santé?

Elle se caractérise par une grande variété d’espèces bactériennes, des taux élevés d’acétate, de butyrate, de propionate qui sont des molécules produites par la microflore et qui produisent des signaux hormonaux, à distance, sur le foie, le cerveau, le tissu adipeux et l’estomac. Une alimentation anti-inflammatoire où les apports en végétaux et en fibres sont centraux permet d’optimiser la production de ces bonnes molécules, appelés acides gras à chaînes courtes. Ces acides gras particuliers sont une source d’énergie importante pour les cellules épithéliales du côlon, importante pour le maintien de l’étanchéité de la paroi intestinale et la différenciation des cellules épithéliales intestinales. Il est même possible que la déficience en butyrate soit considérée comme un biomarqueur indirect de la porosité intestinale, selon une étude menée par Plöger S., et al. et publiée dans Annals of the New York Academy of Sciences, en 2012.

Enfin, concernant les athlètes, il faut savoir que le stress oxydant provoqué par le sport de haut niveau cause une inflammation chronique et les intestins sont particulièrement mis à l’épreuve : en effet, on constate une augmentation des radicaux libres (ROS) et des signes d’inflammation dans ce tissu. Or les entérocytes doivent être remplacés et si des déficits micronutritionnels surviennent lors de sport intensif, ces derniers peuvent créer de la porosité dans l’intestin, ceci, à l’origine des « diarrhées du marathonien », de nausées, de fatigues et de récupération plus longue, par exemple.

 microbiote phytothérapie

PHYTOTHERAPIE

  • Curcuma longa pour les dyspepsies et inflammation du colon (à éviter en cas d’obstruction biliaire et usage d’anti-coagulants).
  • Gingembre (Zingiber officinale) : les gingérols de l’huile essentielle sont anti-inflammatoires et hypocholestérolémiants, stomachiques, digestifs, antithrombotiques et toniques. Le gingembre (2 g) est connu pour réduire les nausées et vomissements.
  • La cardamome (Elletaria cardamomum) : pour les troubles digestifs et l’halitose, cette épice augmente les sécrétions gastriques et biliaires, antispasmodiques, indigestion (Graines, teinture, huile essentielle).
  • Achillée Millefeuille : flavonoïdes, alcaloïdes, polyacétylènes, acide salicylique, coumarines, tanins à visée digestives. 
  • Ail (Allium sativum) : anti-bactérien du système digestif, aussi hypotenseur, expectorant, hypoglycémiant.
  • Piments de Cayenne (Capsicum frutescens) : capsine, caroténoïdes, flavonoïdes, prévient les infections du système digestif. Effet bénéfique clinique, il stimule la sécrétion des sucs gastriques, et peut aider pour réduire les diarrhées et les colites.
  • Reine des prés (Filipendula ulmaria) : en cas de troubles gastriques, inflammatoires, favorise la digestion gastrique, lutte contre la diarrhée chez l’enfant et les irritations intestinales.
  • Menthe poivrée (Mentha piperita) : en tisane, la menthe agit sur l’inflammation du colon. Décontraction des muscles, antiseptique, contre les nausées et migraines, à prendre en teinture mère et infusion.
  • Verveine (Verbena officinalis) : tonique gastrique, avec anxiété et stress.
  • Cumin (Carum carvi) / Anis (Pimpinella anisum / Fenouil (Foeniculum vulgare) : une combinaison qui protège l’appareil digestif, agissant sur les muscles intestinaux, pour soulager colites, ballonnements et flatulences. Prendre plantes entières ou les graines.
  • Salicaire/noyer/alchémille/aigremoine : (40 g de chaque) ralentissement du transit et antiseptique.

 microbiote huile essentielle

HUILES ESSENTIELLES

  • Lavande (Lavandula angustifolia) : calmante en cas de troubles psychosomatiques avec effets digestifs.
  • Mélisse (Melissa officinalis) : lorsque l’anxiété provoque des troubles digestifs.
  • Gingembre (voir plus haut) : propriétés antiseptiques et anti- inflammatoires.
  • Verveine : (voir plus haut)
  • Anis / Fenouil / Cumin associée avec menthe poivrée améliore le confort digestif (d’après une étude allemande de 1999).
  • Huiles essentielles de basilic exotique / cannelle de Chine / arbre à thé (massage sur le ventre et 6 gouttes du mélange 3 fois par jour ou plus). Dilué dans l’huile de Macadamia ou d’Onagre.

GEMNOTHERAPIE

L’orme rouge (Ulmus rubra) : il calme l’acidité gastrique, diarrhées et gastro-entérite, colites et irritations du colon.  Il est riche en mucilages, amidon et tanins. On le trouve en gélules et en infusion aussi.

David Ruffieux

En cas de troubles graves de la sphère digestive, douleurs, saignements, il faut consulter un medecin. 


 


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